Η βραχώδης σύνθεση των καλύμνικων πετρωμάτων έχει συντελέσει στη δημιουργία αρκετών σπηλαίων. Πολλά απο αυτά παρουσιάζουν, εκτός απο γεωλογικό, αρχαιολογικό ενδιαφέρον μιάς και κατοικούνταν στο παρελθόν ή αποτελούσαν μέρη θρησκευτικής λατρείας.  

Δεκαέξι σπήλαια είναι επισκέψιμα, εκ των οποίων τρία, τα σπήλαια Κεφαλάς, των επτά Παρθένων και των Σκαλίων είναι αυτά στα οποία αξίζει να δώσετε προτεραιότητα.

Σπήλαιο Κεφαλάς

Στο σπήλαιο Κεφαλάς θα εντυπωσιαστείτε από τον επιβλητικό, μήκους 103 μέτρων, διάδρομο με τους πελώριους σταλακτίτες και σταλαγμίτες. Το έκτασης 1000 τετραγωνικών μέτρων σπήλαιο με τους έξι θαλάμους θεωρείται το ομορφότερο της Καλύμνου. Επίσης, θα μπορέσετε να δείτε ίχνη λατρείας του Ολυμπίου Διός, γεγονός που χάρισε στο σπήλαιο την εναλλακτική ονομασία ‘Σπήλαιο του Διός’.

Το σπήλαιο βρίσκεται κοντά στην Πόθια, πέρα απο το Μοναστήρι της Αγίας Αικατερίνης στην περιοχή Κεφαλάς.  Μπορείτε να μεταβείτε εκεί από θαλάσσης ή ακολουθώντας τον επαρχιακό ασφαλτοδρόμο από την Πόθια, που στη συνέχεια γίνεται χωματόδρομος. Μόλις φτάσετε στην κορυφή του λόφου όπου καταλήγει ο χωματόδρομος, και αφότου έχετε περάσει μπροστά απο το Μοναστήρι της Αγίας Αικατερίνης, θα ακολουθήσετε τα μπλε σημάδια που υπάρχουν πάνω στους βράχους και έτσι θα φτάσετε στο σπήλαιο.

Το σπήλαιο είναι ανοικτό στο κοινό καθημερινά από τις 08:30 ως τις 14:00, εκτός Τρίτης και Πέμπτης.  Ο φύλακας που βρίσκεται εκεί θα σας δώσει κράνος με ενσωματωμένο φως, για να βλέπετε καλά όμως είναι συστήνεται να είστε εφοδιασμένοι με δικό σας φακό.

Σπήλαιο των Επτά Παρθένων

Το σπήλαιο των Επτά Παρθένων βρίσκεται στην ευρύτερη περιοχή Φλάσκας. Ονομάστηκε έτσι τις θρυλούμενες επτά παρθένες που κρύφτηκαν στο σπήλαιο για να γλυτώσουν απο την επίθεση των πειρατών αλλά δεν επέστρεψαν ποτέ στο Κάστρο. Στο σπήλαιο έχουν ανακαλυφθεί διάφορα αναθήματα και αρχαιολογικά ευρήματα, ενώ μέσα του υπάρχει και μια μικρή λίμνη με πέτρινα σκαλιστά σκαλοπάτια.

Σπήλαιο Σκαλίων

Το σπήλαιο Σκαλίων – ή αλλιώς σπήλαιο Αγίου Ιωάννη – βρίσκεται στο Μασούρι, σε απόσταση ενός περίπου χιλιομέτρου απο τα Σκάλια.  Περιλαμβάνει φυσικούς σταλακτίτες σε περίεργους σχηματισμούς και είναι σχετικά απόκρημνο, για αυτό θα πρέπει να είστε αρκετά προσεκτικοί όταν το επισκεφτείτε. Ο εντυπωσιακός διάκοσμος θα σας αποζημιώσει παρόλα αυτά.

Σπήλαιο Στημενίων

Το σπήλαιο Στημενίων βρίσκεται στα βορειοανατολικά της κοιλάδας του Βαθύ, στην περιοχή Αϊ Νικόλας. Όχι πολύ μακρυά απο εκεί, στα βορειοδυτικά της κοιλάδας βρίσκονται δύο ακόμα σπήλαια, τα ευρήματα των οποίων μαρτυρούν την χρήση τους ως κατοικίες στο μακρυνό παρελθόν.

Το σπήλαιο Στημενίων διαθέτει οπαίο στην κορυφή του που χρησιμεύει τόσο  στο φωτισμό του σπηλαίου όσο στην είσοδο των ανθρώπων, ενώ ο εσωτερικός του διάκοσμος είναι εξαιρετικά εντυπωσιακός. Γύρω από το σπήλαιο βρίσκεται διάσπαρτα παλαιιοχριστιανικά και βυζαντινά κεραμικά, αρχαία λίθινα εξαρτήματα και ερείπια οικοδομημάτων.

Σπήλαιο Χοιρομάντρες

Το Σπήλαιο Χοιρομάντρες βρίσκεται στη νότια πλαγιά της Πόθιας, κάτω από Μονή  των Αγίων Πάντων. Μέσα και γύρω απο το σπήλαιο ανακαλύφθηκαν νεολιθικά ευρήματα και όστρακα που χρονολογούνται  εως και τους παλαιοχριστιανικούς χρόνους. Η παρουσία τους μαρτυρά τη συνεχή κατοίκηση και λατρευτική χρήση του χώρου. Δυστυχώς, η κατάρρευση του θόλου αλλοίωσε τη μορφή του σπηλαίου.

Σπήλαιο Αγίας Βαρβάρας

Το σπήλαιο Αγίας Βαρβάρας έλαβε το όνομα του από το ομώνυμο παρακείμενο εκκλησάκι που βρίσκεται στο λόφο του Τρούτσουλα (στο δρόμο Φλασκά-Χώρας) και αποτελείται από δύο κύριες αίθουσες που επικοινωνούν μέσω ενός στενού περάσματος. Τα σπάνια ευρήματα που ανακαλύφθηκαν μέσα στο σπήλαιο αποδεικνύουν τη χρήση του από την Πρώιμη Χαλκοκρατία.

Σπήλαιο Δασκαλειό

Για τους πιο έμπειρους εξερευνητές συστήνεται το σχετικά δυσπρόσιτο σπήλαιο Δασκαλειό στον Βαθύ, στο οποίο θα σας βρεθείτε αφού κατεβείτε ορισμένα σκαλιστά σκαλοπάτια. Εκεί  εντοπίστηκαν προϊστορικά ευρήματα, νεολιθικά εργαλεία και κεραμικά Μεσομινωικής και Υστερομινωικής Εποχής, μαρτυρώντας ανθρώπινη παρουσία στην περιοχή από αρχαιοτάτων χρόνων και αποδεικνύοντας τη χρήση του σπηλαίου για κατοίκηση και λατρεία.