Στον νησί υπάρχουν τέσσερα μουσεία.

• Το Αρχαιολογικό Μουσείο, το κόσμημα του νησιού που φιλοξενεί διάφορους θησαυρούς που έχουν κατά καιρούς ανασυρθεί από το  βυθό και παρουσιάζει την ιστορία του νησιού σε διάρκεια χιλιετιών  
• το Ναυτικό Μουσείο, όπου παρουσιάζεται ό,τι σχετίζεται με την μεγάλη ναυτιλιακή δραστηριότητα των Καλύμνιων και τη  σπογγαλιεία 
• το Μουσείο Θαλασσινών Ευρημάτων Βαλσαμίδη, όπου μπορεί να θαυμάσει κανείς τα εκθέματα σχετικά με τη σπογγαλιεία αλλά και διάφορα αντικείμενα από τα βάθη της Μεσογείου 
• το Σπίτι της Καλύμνου, όπου μπορεί κανείς να εισέλθει σε ένα πιστό αντίγραφο των παλαιότερων σπιτιών της Καλύμνου